CAPES es un centro de investigación científica y tecnológica de excelencia (CCTE) con Financiamiento Basal de CONICYT-PIA (Programa de Investigación Asociativa). CAPES fue concebido en junio 2013, y desde julio de 2014 recibe apoyo financiero. Esta nueva institución emergió de un centro previo (Centro de Estudios Avanzados en Ecología y Biodiversidad, CASEB), con financiamiento FONDAP (Fondo Nacional de Áreas Prioritarias), incorporando nuevo personal al equipo original y prescindiendo de investigadores y temas más teóricos. La principal misión de CAPES es llevar a cabo investigación aplicada en temas ambientales relevantes para el desarrollo sostenible de Chile, en el contexto internacional de los estándares de la OCDE (Organización para la Cooperación y el Desarrollo Económico) y los acuerdos internacionales de libre comercio.
Las principales fortalezas del CAPES son: (a) la investigación de vanguardia en medio ambiente, (b) la formación eficiente de capital humano avanzado, (c) las actividades de transferencia/capacidades (conocimientos y tecnológica), (d) buenas alianzas con el sector privado, y (e) la extensión y recaudación de fondos tanto nacionales como internacionales. Los científicos del CAPES pertenecen a dos universidades chilenas (UC y UAI) y a corporaciones privadas o públicas. Las principales líneas de investigación son: (1) remediación de metales pesados en medioambiente, (2) microbiología ambiental, (3) fisiología de la conservación y adaptación al cambio climático, (4) dinámica poblacional y explotación de recursos, y (5) gestión y manejo de recursos naturales en sistemas socio-ecológicos.
